Средновековие
По време на Второто българско царство (ХІІ-ХІVв.) Русе се развива като крепост, която охранява един от бродовете през р. Дунав. Най-ранните сведения за нея са от 80-те години на ХІVв. Тя включвала неголямо каменно укрепление с пет кули, от които най-голямата е в средата и квартал около него. Укрепелението било разположено на самия дунавски бряг и защитавало околния обширен речен залив, където се намирало русенското пристанище. Разкритите монетни находки показват, че значението на Русе започва да нараства през втората половина на ХІVв., когато той се утвърждава като важен център на търговия с влашките земи.
Произходът на името Русе все още остава неуточнен, въпреки че съществуват редица хипотези.
Г. Раковски приема, че то произлиза от стара легенда за баба Руса и дядо Руси, които някога живели тук. По-сериозна е тезата на проф. С. Младенов, който извежда името от индоевропейския корен “ру” – река. Той смята също, че то е синоним на името на разположения наблизо голям средновековен град Червен, като търси връзка с неговите смислови преводи - “руж” (фр.), “рот” (нем.) и т.н. Слабост на тази теза е, че Русе съществува едновременно с Червен, а не е негов наследник. Най-убедително е предположението на проф. П. Мутафчиев, който свързва името с големите етнически движения в Източна Европа през ХІІІв. Той счита, че името е наложено от многочислени руски бегълци, напуснали родината си заради опустошителните татарски нашествия. Потвърждение на това се намира и в съседните градове Гюргево, Червен и Тутракан, които наследяват имената на унищожени от татарите южноруски градове.
Многобройните пещери и благоприятните климатични условия са причина за поява на скални обители по долината на р. Русенски Лом още през Хв. Техният брой нараства бързо в началните години на Второто българско царство (ХІІ-ХІVв.), когато тук започват да прииждат отшелници от цялата страна. Влиянието на близкия митрополитски център Червен улеснява постепенното формиране на големи манастири и превръщането на долината във важно духовно средище. Сред тях най-значим е манастирът-лавра “Св. арх. Михаил”, който е основан от Йоаким - първия патриарх на възобновената самостоятелна българска църква. Ктитори за изписване на неговите храмове са българските царе. Запазените в тях стенописи отразяват основните етапи в развитието на българското монументално изкуство приз ХІІІ и ХІV векове, а стенописите в църквата “Св. Богородица” са включени от ЮНЕСКО в списъка на световното културно наследство. Някои манастири израстват като книжовни и просветни средища. Има данни, че през ХІVв. сред монашеството в Поломието се разпространява исихазмът. Повечето скални манастири западат след османското завоевание в края на ХІVв., но част от тях оцеляват и по-късно. С тях се свързва дейността на местните светци св. Софроний и св. Димитър Басарбовски.